A História de Kenshin Himura
Após deixar o seu mestre, sua habilidade com a espada foi percebida por Shinsaku Takasugi, comandante do Kiheitai e líder do Choshu Ishin Shishi. Mais tarde, ele apresenta o arapaz ao seu amigo de longa data, Kogoro Katsura, outro líder do Choshu Ishin Shishi, que imediatamente recruta o rapaz para as suas fileiras. Entretanto, por sua vez, Katsura deve jurar nunca mais desembainhar a sua espada novamente, aparentemente em troca pela inocência do rapaz.
A Kenshin é atribuído o papel de assassino, e partilhar o objectivo geral do Ishin Shishi: libertar o "Tenchu" (justiça dos deuses) sobre o Xogunato. No ano seguinte, duranter uma missão de assassinar Shigekura Jube, ele encontra um membro do Mimawarigumi entre seus guarda-costas chamado Kiyosato. Após cuidar de Jubei e os demais guarda-costas, Kenshin volta sua atenção à Kiyosato que é o último sobrevivente. Durante a luta, a determinação de viver de Kiyosato que era sua noiva Tomoe Yukishiro, lhe dá força suficiente e desejo para marcar o Battosai com uma cicatriz em sua face esquerda (um ato que se pensava ser impossível pelo Ishin Shishi) que ele carregará para o resto de sua vida. O mangá e o OVA diferem quanto ao simbolismo da cicatriz. No mangá, é dito que qualquer cicatriz causada por uma pessoa que carregue um forte ressentimento não se cura. No OVA, a ferida abre novamente em numerosas ocasiões, geralmente em correspondência aos sentimentos de culpa de Kenshin. Algumas semanas após esse incidente, Kenshin encontra Tomoe cara a cara pela primeira vez, defendendo-a do assédio de diversos bêbados em uma taverna. Logo após isso, ela testemunha sua luta com um assassino Yaminobu, que é literalmente cortado ao meio, deixando uma chuva de sangue e o corpo mutilado na rua.
Essa foi a primeira vez que Kenshin foi alvo de outro assassino contratado.
A Vida Com Tomoe
Sem o conhecimento de Kenshin, uma bêbada Tomoe testemunhou sua luta com o assassino Yaminobu. Ele apenas notou sua presença depois, tendo sido atingida pelo sangue do assassino. Ela exclamou: "Você realmente faz chover sangue." Kenshin ponderou se devia matá-la devido a seu protocolo de matar qualquer testemunha, mas ela desmaiou devido ao choque e a bebida, e ele a levou para a pousada onde estava hospedado e que servia como quartel-general do Ishin Shishi, onde ela se empregou como serviçal, Durante esse tempo, Tomoe e Kenshin desenvolveram um relacionamento indefinido, onde Tomoe notou que o Battosai era mais uma criança pura e incoente que um brutal homicida. Entretanto, o Ishin Shishi estava virtualmente dividido em dois quando a decisão de incendiar Kyoto causou o famoso conflito com os mortais "Lobos de Mibu", o Shinsengumi.Após a crise sofrida na campanha Choshu em Jiken Ikedaya, Katsura ordena a Kenshin e Tomoe que abandonem Kyoto, e fujam para um remoto vilarejo onde Tomoe e Kenshin irão assumir a fachada de um farmacêutico e sua esposa. Durante esse período, Kenshin e Tomoe começaram, lentamente, um profundo relacionamento. Kenshin jurou: "Eu irei proteger sua felicidade". Tomoe, tomada por sua gentileza, começa a sentir o conflito com os sentimentos que começa a nutrir por ele. Mais tarde, o irmão mais novo de Tomoe, Enishi Yukishiro encontra o que deveria supostamente ser seu esconderijo secreto. É revelado que o verdadeiro objetivo de Tomoe é se vingar de Battousai pela morte de seu noivo, Akira Kiyosato. Tomoe decide que Kenshin "tomou sua felicidade apenas para lhe dar outra", então ele pode proteger mais vidas do que as que ele já tirou.
Algum tempo depois, Tomoe confessa seu passado para Kenshin. No mangá, os lieotres vêem que eles meramente passam a noite inteira conversando e ela chora pela primeira vez a morte de seu noivo, dizendo que foi ela quem causou sua morte não revelando o quanto o amava e, na manhã seguinte, Tomoe foge da casa antes que Kenshin acorde.
Durante a última reunião de Yukishiro Tomoe com o okashira de Yaminobu - uma rede secreta pró-Xogunato (similar ao clã ninja Oniwabanshu encontrado por Kenshin muitos anos depois) que formulou um plano para assassinar Kenshin - ela compreendeu que o tempo todo eles a haviam usado para criar um ponto fraco no Battousai. Nesse meio tempo, Kenshin corre, desesperado para encontrá-la e é emboscado por diversos ninjas Yaminobu, cada um causando sérios ferimentos e o privando de seus sentidos. No fim, após derrotar cada um de seus oponentes, ele encontra o okashira. Numa desesperada tentativa de derrotar o okashira, Kenshin cegamente ataca com sua espada, matando a ambos, o okashira e Tomoe que pulou na frente no último minuto para salvar Kenshin que um ataque fatal. Kenshin, então a segura em seus braços.
enquanto ela susssura suas últimas palavras: "Este é o jeito que deveria ser...". Seu braço então cai e a faca que estava segurando rasga a face esquerda de Kenshin causando-lhe um novo corte e completando a cicatriz em "X" que seria sua marca. Einishi, que assistia a tudo escondido, está totalmente abalado. Ele se torna um refugiado, eventualmente deixando o país e desenvolve uma ira e ódio sem iguais por Kenshin, e passa os dez anos seguintes planejando sua vingança, usando as Tríades Chinesas para atingir suas metas.
Battousai, O Retalhador, foi uma figura muito importante no Bakumatsu, a guerra civil japonesa em que os monarquistas lutavam contra aqueles que defendiam o poder dos xoguns, que até então tinham dominado o poder no lugar do Imperador. Ele era um exímio espadachim monarquista, e sedimentou com sangue o caminho que levaria à Era Meiji, que ele esperava ser uma época de paz e felicidade para todos aqueles que estavam sofrendo com o Bakumatsu.
